Perteneciente a una de las más ilustres familias criollas del Paraguay. Su ascendencia se remonta a los días iniciales de la conquista española a través de Domingo Martínez de Irala y de Gonzalo de Mendoza. Su padre, el general Francisco de Ávalos y Mendoza, sirvió por más de medio siglo en funciones militares, políticas y judiciales en la provincia del Paraguay. Dos veces alcanzó la alta dignidad de teniente gobernador e integró el cabildo en diversos períodos. Su madre, la paraguaya Ignacia Díaz de Ovalle, descendía del gobernador Martín Suárez de Toledo y pertenecía a un estirpe que, desde su tío abuelo Hernando Arias de Saavedra, el primer gobernador criollo, venía ejerciendo una notoria influencia en el desenvolvimiento de la colonia.

Antes de cumplir los dieciocho años, José de Ávalos y Mendoza sentó plaza en las milicias provinciales, de las cuales su padre era uno de los jefes de mayor prestigio; sirvió sucesivamente como alférez de Infantería y capitán de Caballos Corazas, empleo éste que desempeñaba cuando, a los veintiún años, fue nombrado regidor vitalicio del Cabildo de Asunción, de cuya política se convertiría en uno de los principales mentores. [...]